replace TSV with CSV for variant outputs

README.md

@@ -72,14 +72,15 @@ python3 -m venv --system-site-packages .venv
 | `strand_damage_profile_3prime.csv` | то же по 3′-концу |
 | `end_enrichment.csv` | C>T/G>A % в первых/последних 1,3,5,10,20 основаниях, по R1/R2 |
 | `candidate_CtoT.bed`, `candidate_GtoA.bed` | позиции для IGV; имя = `ref>alt;depth;alt;VAF` |
-| `candidate_variants.tsv` | контекст каждой позиции: VAF, средняя позиция в read, strand bias, BQ, раскладка R1/R2 |
+| `candidate_variants.csv` | контекст каждой позиции: VAF, средняя позиция в read, strand bias, BQ, раскладка R1/R2 |
+| `clean_variants.csv` / `ffpe_suspect_variants.csv` | разделение на чистые и подозрительные |
 | `CtoT_R1.png` … `GtoA_R2_3prime.png` | графики частоты по позиции в read (5′ и 3′) |
 
 ### Как читать результат
 
 - **Классическая FFPE-сигнатура**: пик `C>T` у 5′-конца R1 и `G>A` у 3′-конца R2 — две цепи одного и того же дезаминирования цитозина. Проверяйте профили R1/R2 и по strand.
 - Если C>T/G>A повышены равномерно по всей длине read (без пика у концов) — это не классическое end-associated повреждение, а другой артефакт/ошибки.
-- **Отличить настоящий вариант от дезаминирования** (`candidate_variants.tsv`): настоящий вариант имеет ожидаемый VAF, распределён по read (средняя позиция ~ середина), встречается на обеих цепях (strand bias не значим) и не привязан к концам. Дезаминирование концентрируется у концов read и на одной цепи.
+- **Отличить настоящий вариант от дезаминирования** (`candidate_variants.csv`): настоящий вариант имеет ожидаемый VAF, распределён по read (средняя позиция ~ середина), встречается на обеих цепях (strand bias не значим) и не привязан к концам. Дезаминирование концентрируется у концов read и на одной цепи.
 
 ## 2. Классификация относительно контролей